За загальним правилом операції з експорту сільськогосподарських культур оподатковуються за нульовою ставкою ПДВ. Періодично з цього правила робляться винятки шляхом внесення змін до Податкового кодексу України. 

Станом на сьогодні є чинні з 01.09.2018 року (і будуть діяти до 31.12. 2021р.) особливі правила експорту для сої. Такі ж особливі правила з 01.01.2020 р. до 31.12.2021 р. будуть діяти щодо ріпаку.

Якщо експортує сою сільськогосподарське підприємство, яке самостійно та на власній, орендованій, суборендованій, за правом емфітевзису землі виробляє с/г продукцію, то така операція оподатковується за нульовою ставкою.

Якщо експортер не є сільськогосподарським підприємством виробником, то операція з експорту зазначених у пункті 2 цих висновків культур (соя, ріпак) звільнена від ПДВ.

Разом з тим, в індивідуальній податковій консультації від 29.12.2018 р. N 5490/6/99-99-15-03-02-15/ІПК податківці звернули увагу, що «пільга» в п. 63 підрозділу 2 розділу ХХ «Перехідні положення» не може застосовуватися поки відсутнє визначення на законодавчому рівні «сільськогосподарське підприємство» і для застосування такої пільги необхідно визначити це поняття на законодавчому рівні. Тому, можуть бути ризики по застосуванні нульової ставки ПДВ за сою, ріпак навіть при першій реалізації виробником.

Зазначається, що ці положення не поширюються на операції з вивезення за межі митної території України в митному режимі експорту сільськогосподарськими підприємствами - виробниками соєвих бобів (товарна позиція 1201 згідно з УКТ ЗЕД) та насіння свиріпи або ріпаку (товарна позиція 1205 згідно з УКТ ЗЕД), вирощених ними на землях сільськогосподарського призначення, які перебувають у власності таких сільськогосподарських товаровиробників чи в їх постійному користуванні або використовуються ними на правах оренди (суборенди) чи емфітевзису.

Це означає, що на сьогодні експорт сої, якщо його експортує сільськогосподарське підприємство-виробник,  ПОВИНЕН оподатковуватися за ставкою 0%, а якщо трейдери, то операція звільняється від оподаткування ПДВ.

В той же час, ДФС у своїй індивідуальній податковій консультації від 29.12.2018 р. N 5490/6/99-99-15-03-02-15/ІПК додержується іншої позиції:

«Відповідно до Закону України від 24 грудня 2015 року N 909-VIII "Про внесення змін до Податкового кодексу України та деяких законодавчих актів України щодо забезпечення збалансованості бюджетних надходжень у 2016 році" з 01 січня 2017 року втратила чинність стаття 209 ПКУ, яка визначала дію спеціального режиму оподаткування діяльності, зокрема, у сфері сільського господарства, та, відповідно, з ПКУ виключено поняття (визначення) «сільськогосподарське підприємство».

У разі якщо поняття, терміни, правила та положення інших актів суперечать поняттям, термінам, правилам та положенням ПКУ, для регулювання відносин оподаткування застосовуються поняття, терміни, правила та положення ПКУ. Інші терміни, що застосовуються у ПКУ і не визначаються ним, використовуються у значенні, встановленому іншими законами.

На сьогодні у чинному законодавстві України визначення поняття «сільськогосподарське підприємство» відсутнє.

В той же час, Міністерство фінансів України листом від 19.10.2018 N 11310-09-5/27170 рекомендувало ДФС розглянути можливість застосування в цілях реалізації пункту 63 підрозділу 2 розділу XX "Перехідні положення" ПКУ, поняття "сільськогосподарський товаровиробник", визначене підпунктом 14.1.235 пункту 14.1 статті 14 ПКУ.

Так, підпунктом 14.1.235 пункту 14.1 статті 14 ПКУ визначено, що сільськогосподарський товаровиробник для цілей глави 1 розділу XIV ПКУ - юридична особа незалежно від організаційно-правової форми або фізична особа - підприємець, яка займається виробництвом сільськогосподарської продукції та/або розведенням, вирощуванням та виловом риби у внутрішніх водоймах (озерах, ставках та водосховищах) та її переробкою на власних чи орендованих потужностях, у тому числі власно виробленої сировини на давальницьких умовах, та здійснює операції з її постачання.

Таким чином, визначення терміну "сільськогосподарський товаровиробник, застосовується виключно для цілей розділу XIV ПКУ "Спеціальні режими", тобто для визначення підстав перебування на спрощеній системі оподаткування платниками єдиного податку четвертої групи.

Враховуючи викладене, до визначення чинним законодавством України поняття "сільськогосподарське підприємство", виключення, передбачені абзацом 4 пункту 63 підрозділу 2 розділу XX ПКУ, не застосовуються.»

Тому ДФС фактично забороняє застосовувати ставку 0% усім сільськогосподарським підприємствам за операціями з експорту соєвих бобів (навіть не дивлячись на прямі вказівки ПКУ).